Secara geografis Desa Limau Manis terletak pada titik koordinat 4° 0′ 33.21″ LU – 3° 59′ 34.65″ LU dan 108° 19′ 45.58″ BT – 108° 20′ 56.41″ BT, berbatasan dengan :
- Sebelah Utara : Desa Tanjung Kec. Bunguran Timur Laut
- Sebelah Timur : Laut Natuna Utara
- Sebelah Selatan : Desa Sepempang Kec. Bunguran Timur
- Sebelah Barat : Desa Ceruk Kec. Bunguran Timur Laut
Luas wilayah Desa Limau Manis mencapai 224,015 Ha.
- Banyaknya Curah Hujan: 1.500 mm/thn
- Topografi: berupa dataran rendah
- Suhu Udara rata rata: 28-32 derajat celcius
Berdasarkan Iklim dan curah hujan Desa Limau Manis dipengaruhi oleh beberapa musim dan merupakan iklimtropis dengan pembagian musim yaitu Musim Utara, musim Selatan, Musim Barat dan Musim Timur